水环境微生物实验室是一个以本科、研究生教学实验为主的综合性实验室，由细菌分离室、高温灭菌室组成。拥有奥林巴斯分析显微镜、超净工作台、生物显微镜等实验仪器设备。教学实验主要面向水文与水资源工程、给排水科学与工程、环境工程等专业。主要开出教学实验项目有：显微镜的使用与操作实验；常见微生物的个体形态观察实验；水环境中生物相的观察实验；纯培养菌种的菌体、菌落形态观察实验；微生物的染色等。