原化学系是原郑州大学建校时最早设立的系之一。1993年学校决定抽调化学系部分教师组建化工系。1996年校内专业调整化学系与化工系合并成立化学化工学院。2000年原 合并，化学系化工专业调整到化学工程学院，原郑州大学化学化工学院恢复名称化学系。化学学科长期以来在学校的亲切指导和大力支持下，在人才培养、科学研究和社会服务等方面都得到了长足发展。目前拥有国家理科基础科学研究和教学人才培养基地（化学），国家重点（培育）学科（有机化学）、国家级教学团队、国家级化学实验教学示范中心、国家级高等学校特色专业、国家级精品课程（仪器分析）、国家级双语教学示范课程、国家级先进班集体；拥有化学博士后流动站、化学一级学科博士点和化学一级学科硕士点及药物化学、工业催化、环境化学、应用化学和药物分析5个跨学科二级硕士点。化学一级学科是河南省重点学科。