郑州大学检察公益诉讼研究院由学术顾问、学术委员会、联席主任、院长、执行院长、研究部、办公室等机构组成。学术委员会委员由郑州大学法学院、省内外高校以及检察院和法院等实务部门专家学者组成；郑州大学法学院副院长张嘉军教授任研究院院长，最高人民检察院第八检察厅徐全兵副厅长担任联席主任。研究部下设行政检察公益诉讼研究部、民事检察公益诉讼研究部、黄河生态保护和高质量发展法律研究部三个部门。

郑州大学检察公益诉讼研究院现有专职研究人员30人，其中教授10人、副教授12人、讲师8人。另有最高人民检察院、河南省高级人民法院、河南省人民检察院、河南省生态环境厅、河南省市场监督管理局以及其他高校老师等兼职研究员40余人。

在最高人民检察院和河南省人民检察院支持下，研究院还聘请了河南省人民检察院党组副书记、副检察长田凯等实务专家担任博士生导师，随后商最高人民检察院和河南省人民检察院继续聘任更多检察公益诉讼业务专家担任研究生导师和实务导师。