超级计算机在物理化学、生命科学、生物力学、材料科学、药物科学等领域发挥了重要的作用。基于量子力学方法发展了大量可靠的非相对论薛定谔方程和相对论迪拉克方程的近似解法，用来模拟微观世界中原子和分子的相互作用和行为；密度泛函理论（DFT）并行化算法已经成为材料科学、固体物理、计算化学、计算生物学等领域内必不可少的研究手段之一；并行化高精度耦合簇理论（CC）和组态相互作用（CI）方法用于许多量子化学应用场景，成为计算化学的主要工具；基于牛顿力学并结合量子力学的分子动力学的并行算法，是生命科学、生物物理、生物化学、药物研究等领域的主要模拟手段。
随着研制出性能更强的的超级计算机，人们可以模拟越来越大规模的微观系统、越来越长时间的微观过程、越来越精细的微观现象，从而极大的增强了对自然的认知能力。时至今日，高性能计算在基础科学研究、工业工程、公益事业、国防安全等各个领域的广泛应用，解决了一大批具有挑战性的重要科学和重大工程问题，对支撑科技创新、推动经济发展起到了重要作用。
河南省超级计算中心配备了Matlab、Mathmatic等商业化科学计算软件和RStudio、Anaconda等开源科学计算环境，能在短时间内帮助用户实现超大规模的科学计算，缩短科研周期，加速研究成果。
