中心设立3所（高性能计算研究所（内设4个实验室：并行计算实验室、自主可控实验室、应用研究实验室、量子计算实验室）、高性能地理计算研究所、大数据与人工智能研究所）、1院（先进计算研究院）。主要开展高性能计算、云计算、大数据和人工智能等相关超算方向的研究工作。其中，先进计算研究院为郑州大学与中国科学院、中科曙光共建，资源共享。
基层学术组织结构图
