根据国家超级计算郑州中心的定位、职责与任务，中心平台设立6部（综合管理部、基础运维部、系统与主机运维部、高性能计算部、应用服务拓展部、云计算和大数据服务部）、2中心（河南省超级计算中心、实验中心）。中心学术组织设立3所（高性能计算研究所、空天技术研究所、人工智能研究所）、1院（郑大曙光研究院）。
中心组织构架图
