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依托完善的生态与良好的兼容性,国家超级计算郑州中心面向众多不同领域与行业应用需求,提供高性能计算、人工智能、大数据、行业应用等软件资源服务。其中应用开发基础环境由编程模型、编译系统、并行开发运行环境组成,支持MPI-1/MPI-2/MPI-3标准,支持OpenMP,兼容OpenCL和CUDA环境,编译器支持标准的C/C++、Fortran等语言,为用户的开发和调试提供极大的便利。行业应用软件主要面向各个行业应用领域提供软件服务功能。


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行业应用软件

序号

应用领域

应用软件(DCU)

应用软件(CPU)

1

计算化学、材料、物理、分子动力学等领域

Gromacs-DCU

Lammps-DCU

Nwchem-DCU

Hoomd-DCU

MISA-MD-DCU

NAMD-DCU

ABINIT、 Amber、 BigDFT 、

CP2K、 Code-Aster、Gromacs、

Gamess、Lammps、 NAMD、

NWChem、 Vtst、 Openmx、

Openbabel、Quantum Espresso、

MISA-SCD、MISA-MD、 QMCPACK、

MISA-AKMC、Particle、 SIESTA

2

计算生物学、精准医疗领域

OpenMM-DCU

AutoDock-DCU

Barracuda-DCU

Amber、 AlloType、Canu、

Coot 、Picard、 Trimmomatic、

Situs、Bedtools、FastQC、

Samtools、GATK、 BWA

3

气象、海洋、天文、环境模拟领域

——

WRF、 FDS、Gsac、

FVCOM 、ROMS、 CMAQ、

4

流体力学、结构分析领域

——

Elmer、 OpenFOAM、MiniFE

5

冷冻电镜

Relion-DCU

cisTEM、 ResMap、Ccpem、

Ctftilt、 Ctffind

6

人工智能、神经网络等领域

Pytorch

Tensorflow

Anaconda、 Harris、SAC

基础软件

序号

分类

基础软件

1

工具类

ParaView、python、R

DUNE、IMOD、ipm

octave、octave-mt、octopus

singularity、spider、SU2

wxWidgets、Go、Qt

2

数学库

boost

3

基础库

htslib

4

图像工具

gnuplot、xmgrace、EMAN、

FlameGraph、frealign、ploticus、

unblur、protomo

5

编译软件

Calculix

编译并行环境

序号

分类

编译环境

备注

1

编译器

gcc/g++

gfortran

gcc/g++:7.3.1

gfortran:7.3.1

2

DCU异构编程环境

HIP编译器hipcc

hcc编译器hcc

opencl编译器hcc

HIP编译器hipcc:2.8.19361

hcc编译器hcc:2.8.19361

opencl编译器hcc:2.8.19361

3

并行编程环境

hpcx-2.7.4

MPI:hpcx-2.7.4

4

函数库

CPU数学库:hygonBlis、

fftw、hdf5、jasper、

libpng、netcdf、zlib

DCU数学库:rocblas、hipcub、

rocfft、rocsparse、rocrand、

深度学习库:miopen

opencl库:opencl

hygonBlis :CPU BLAS库

fftw:CPU FFTW库

rocblas:加速卡BLAS库

rocfft:加速卡FFT库


用户须知:

1.上述软件列表为先进计算平台部分已安装的软件,用户可通过设置环境变量直接使用;

2.如果用户已经购买或通过其它方式获取了相关软件的许可,需要在“嵩山”超级计算机上使用这些软件,请用户安装在本人工作目录下,仅限用户本人使用并对其合法性负责;

3.用户如有软件的移植、安装、兼容性测试需求,可联系相关工作人员。